土壤盐渍化是农业发展面临的强大阻力，事实上，在我国不仅在新疆、青海等中西部边陲土壤盐渍化严重。在广袤肥沃的东北黑土地上，土壤盐渍化问题同样十分突出。保护地生产过程中盲目施肥是造成土壤盐渍化的重要原因之特别是偏施氮肥。生产者对各类肥料特性了解不够全面，对作物需肥特点了解不够透彻，经常偏施一种肥料，而且还误认为多施肥就能高产出，忽视了作物需肥量和营养需求种类，盲目地大量施肥，人为地增加了土壤的含盐量，使作物产生盐害。
例如有人偏施鸡粪、人粪尿，鸡粪、人粪尿的养分含量虽高，但含盐量也高，无形之中就破坏了土壤的pH值，造成土壤中氮、磷钾比例严重失调，不能被利用的成分残留并积累于土壤中，引起土壤盐分偏高。大棚温室等保护设施内部的环境稳定，虽可进行反季节栽培，但是由于盖膜时间过长，特别是连栋大棚，一年之中换膜间隔期过长，雨水冲刷时间太短，造成土壤盐分积累，致使土壤含盐量过高，从而影响了作物的生长。
在保护地蔬菜生产中多采用小型旋耕机耕翻，使耕作层变浅，这种耕地方式还会形成一层较硬的犁底层，水肥聚集于耕作层，也会使耕作层的盐分浓度逐年增高。由于耕作方式单一，长期连作，不合理的施肥、灌溉，使土壤的氨化菌、硝化菌等有益微生物受到抑制，有害微生物相对增加，破坏了土壤微生物的平衡，影响了肥料的分解。同时，重茬连作也使得作物所需的营养元素得不到补充，土壤盐离子也不能正常进行交换，从而造成盐分在耕作层内积累，也就直接加快了保护地土壤盐渍化进程。
危害盐渍化程度高的土壤，在冬季或早春地表干燥时，在突出地表的土壤表面会析出一层白色盐类物质；如果过量施用化肥，使钙、镁等阳离子在土壤表面大量聚集，与氯离子、硫酸根离子碳酸根离子等发生化学反应也会出现返霜现象，也叫返白碱。当湿度大时颜色有些发绿，有时候土壤比较湿润时土表会有紫藻繁殖，所以会呈现出紫红色，在棚室的局部地方如滴水处，这种现象更加明显，有时候还会生长一些苔藓，如果氮肥过量，苔藓会大量滋生。
红色紫球藻是一种很好的盐碱指示植物，如果田间出现红色紫球藻，说明土里的盐分已经很高了，土壤含盐量至少已经达到0.5%左右。土壤出现盐渍化会使蔬菜作物根部吸水困难，出现生理干旱，也会给蔬菜的生长发育造成障碍。在盐渍化的土壤中播种会出现种子发芽受阻、出苗缓慢、出苗率低的现象，或者出苗后逐渐死亡，最开始白天出现萎蔫夜间直立的现象，一旦出现这种情况，小苗很快就会死亡。
异地育苗虽可解决苗期问题，但把蔬菜定植到盐渍化程度高的土壤里，植株缓苗非常慢而且生长缓慢甚至生长停滞，在盐碱士里生长的作物茎秆纤细柔弱、植株非常矮小。作物之所以出现生长受抑制情况，是因为盐渍化的土壤渗透压高，造成植物的根吸水困难，根系生长也会受到抑制，作物的根又短又浅，根尖易被高浓度的土壤溶液烧灼出现坏死现象。严重时，作物的整个根系发黑腐烂，失去活力。
根的吸收能力差，直接影响作物地上部分的生长，盐碱地里的植物叶色会呈深绿色或暗绿色，有闪光感，严重时叶色变褐，在植物的叶缘会出现有波浪状枯黄色瘢痕，下部叶片下垂或反卷，有时候叶片会卷曲失绿，叶尖枯黄萎缩。重者中午凋萎，早晚可恢复，受害严重时茎叶枯死。由于土壤盐分含量大，除了不发棵外，还直接影响一些果菜类蔬菜的果实生长发育，首先是坐果率低，即使结了果也会发育不良，畸形果增多，没有商品价值。
当土壤含盐量0.1%时，对作物生长的影响还不算大；当土壤含盐量为0.1‰%~0.3%时，茄子、辣椒的生长开始受阻，并且果实的商品性变差；而像番茄、草莓等会出现僵苗现象，不发棵，果实小，品质极差；黄瓜会形成小老苗，根系生长严重受阻，植株会早衰，果实畸形，出现大量细腰瓜、瓜苦味较重；如果是甜瓜受害，叶片会出现萎蔫，发黄，严重的会造成植株大量死亡。当土壤含盐量0.3%时，绝大多数蔬菜都不能正常生长。