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蛋白质磷酸化在许多生物学过程中起着非常重要的作用，包括细胞生长、增殖、泛素介导的蛋白降解等过程。
在研究蛋白的磷酸化修饰过程中，首先需要确定哪些候选蛋白被磷酸化修饰了，确定研究哪些目标蛋白，之后需要靶向的针对这些目标蛋白来分析验证蛋白磷酸化。一般可以通过几下几种方法验证蛋白磷酸化，以内源材料/过表达目的蛋白为例：
（1）通过标签抗体（或者目的蛋白一抗）进行免疫沉淀（IP）实验，然后通过质谱（MS）鉴定目的蛋白是否有磷酸化修饰。
（2）通过标签抗体（或者目的蛋白一抗）进行IP实验，然后使用泛磷酸化抗体检测目的条带是否有磷酸化修饰。
（3）将附有对应特异性的磷酸化修饰抗体的目标蛋白进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE），然后直接使用一抗/标签抗体检测蛋白是否有磷酸化修饰。
上述几个验证氨基酸被磷酸化修饰的方法中，通过IP/MS质谱鉴定，即通过富集目的蛋白进行质谱鉴定磷酸化修饰位点的方法，可以一步到位，直接得到蛋白修饰位点的信息。
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