蓝藻的处理问题一直是水产养殖过程中比较常见的问题，蓝藻又称蓝细菌，是一类不含叶绿体能进行产氧性光合作用的大型单细胞原核生物，其细胞结构和代谢机理与真核藻类截然不同。当养殖池塘中有机废物太多，水体出现富营养化时，蓝藻就会启动它的菌类代谢系统来利用有机物，而有益藻类则没有这功能，无法直接利用，这样往往导致蓝藻暴发的现象！
蓝藻在高温强光下会聚集在水体表层，吸收射向水体的大部分阳光，在自己大量繁殖的同时抑制其它藻类的生长，蓝藻池塘的高溶氧仅出现在水体的上层，中下层反而缺氧。当蓝藻暴发时，白天大量蓝藻在水体中上层，底部基本没有藻类，由于水深原因，造成白天底部溶氧也偏低，而到了夜间蓝藻下沉，在底部进行呼吸作用，底部缺氧进一步加剧。所以在鱼虾养殖池塘，大量暴发蓝藻常常导致池塘底部水体环境缺氧。蓝藻也会水产动物的肝脏造成危害，表现为停料、空胃和肝脏病变等。
蓝藻生长的影响因素
1.温度蓝藻繁殖生长对温度敏感,在水温17℃以下时，当水温上升到28℃时，由于其它藻类的生长受到抑制且大量被鱼虾吃食消化(温度高鱼类摄食代谢增强)，蓝藻很容易形成
2.pH值
蓝藻喜欢偏碱性的水体,高pH值(8.0～9.5)会促进蓝藻的发生。
3.光照和水体运动状态
蓝藻喜强光和静水，经常开增氧机的池塘蓝藻数量就会少。
4.氮磷比
蓝藻既可利用水体中的氮，又具有更高利用磷的能力，低氮磷比或含磷较高富营养化的水体都可能导致蓝藻的大量发生，适当提高氮磷比可在一定程度上抑制蓝藻的生长。
参考建议
1.彻底清塘消毒并加注不带蓝藻的新鲜水
彻底清塘消毒可有效减少蓝藻种子，压低基数，减少大规模发生的可能。避免随加水带入蓝藻，对控制蓝藻爆发也有积极意义；
2.定期换新鲜水
经常大量地换新鲜水可稀释蓝藻的浓度，同时也稀释了蓝藻分泌的毒物浓度，可促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡；
3.放养一定数量的滤食性鱼类
虽然蓝藻不易被对虾消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，在一定程度上延缓了蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢和银鲫等。
4.降低pH值
破坏蓝藻适宜的生态，为有益藻重新成为优势种创造条件，否则即使蓝藻被药物杀灭一部分，由于蓝藻强大的繁殖能力又会很快成为优势种。所以，可适当降低水体pH值，使用乳酸菌乳乳酸，配合有机酸产品能够缓解pH过高，接下来适当培藻，同时定期使用底改产品抵青青，保持底部清爽，抑制蓝藻的繁殖。
5.合理使用微生物制剂
芽孢杆菌本身可与蓝藻竞争，同时其分泌的多肽类物质具有抗菌作用，能较好地抑制蓝藻。
治理蓝藻时可适当提高盐度，降低pH，不要使用磷肥或含磷产品，多开增氧机或其他设备使水流动起来，或者提前放养一些花白鲢进行生态预防，或者提前定期使用蓝立静（蓝藻暴发时很难处理，建议在高发期前定期使用）。
蓝藻爆发参考方案：建议选择安全性高的杀蓝藻药物在池塘下风处局部杀灭，然后在蓝藻死亡后的48个小时以内，配合使用增氧产品，使用氧化型底改产品如过硫酸氢钾，使藻毒素失活，然后用水青青解毒使用稳多多、藻多多等产品重新培养活菌和藻类。或者用蓝立静控制蓝藻后，重新培藻调水。